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D. Joaquín pertenecía al partido liberal y es por ello por lo que en 1814, a la vuelta de Fernando VII bajo la reacción absolutista de ese momento, es ordenado procesar junto a los demás diputados liberales por haber defendido la doctrina de que la soberanía reside en el pueblo. Pero D. Joaquín logra escapar de la detención huyendo hasta Portugal primero y emigrando a Francia e Italia después. A pesar de ello es condenado el 12 de abril de 1815 por la Comisión de Causas del Estado a diez años de presidio en África.

En 1820 retorna, tras más de cinco años, de su exilio a raíz del trienio liberal (1820-1823), ocupando una plaza de Oficial de la Secretaría de Gracia y Justicia. Tan sólo en tres años asciende a Oficial Mayor de esa misma Secretaría, aunque meses más tarde de ese 1823, la nueva reacción absolutista lo declara impuro y tiene que refugiarse en Cádiz, quedando inhabilitado para el ejercicio de abogado hasta 1827, y ejerciendo ese oficio junto al de forense desde esa fecha hasta 1834.

Este año 1834 vuelve a ser desterrado de nuevo, esta vez a Sevilla, durante seis meses, para volver a Cádiz tras ese tiempo y continuar allí su actividad forense. En ese mismo año, tras la muerte de Fernando VII, es nombrado Subsecretario de Gracia y Justicia y, un año más tarde, Ministro del Consejo Real de España e Indias. Tras ese cargo, Joaquín Díaz-Caneja ocupa la plaza de diputado de las Cortes y de senador por León ya hasta su muerte, en la nochevieja de 1950.